האגודה מסייעת באיסוף בעלי חיים נטושים מהיישובים המפונים בעזרת צוות מתנדבים, נהגים ורופאים וטרינריים
אגודת צער בעלי חיים בישראל מוחה בחריפות על הניצול המחפיר שעושות אגודות לרווחת בעלי חיים על גבם של בעלי החיים ביישובים המתפנים. בימים כתיקונם, שערי אותם ארגונים סגורים בפני קבלת בעלי חיים נטושים וחסרי בית. אך הפלא ופלא, כשמגיעה ההזדמנות למסעות יחסי ציבור ולגיוס כספים מהציבור התמים שאינו מודע למצב בעלי החיים בארץ, פתאום יש מקום, פתאום כולם מתגייסים לקליטת בעלי החיים.
לפני שלושה שבועות יצא צוות מטעם האגודה לישובים גנים וכדים במטרה לאמוד את מספר בעלי החיים הנטושים שנשארו מאחור. לאחר סריקה מקיפה נמצאו לכל היותר כמה עשרות חתולים חסרי בית שניזונו משאריות מזון שנזרקו לעברם על ידי תושבים רחמניים ופלוגת חיילים השוהה במקום. לעניות דעתנו המקצועית, חתולים לא מבויתים אלה אינם יכולים להיכלא בתוך כלובי המכלאות השונות ולהפוך לחתולי בית מבוייתים. האגודה תקלוט כל בעל חיים נטוש מישובים אלה, תציע לאימוץ את אלו שימצאו ברי אימוץ ותעביר את אלו שאינם ברי אימוץ להחלטת השירותים הוטרינריים במדינת ישראל.
בעת פינוי ימית בשנת 1982, אגודת צער בעלי חיים בישראל היתה העמותה היחידה בארץ שנחלצה לסייע לעשרות בעלי החיים שננטשו וזאת בחסות הצבא. הרמטכ"ל דאז רפאל איתן ז"ל, העמיד לרשות האגודה פלוגה של חיילים ורכבים צבאיים וכך נעשתה מלאכת איסוף בעלי החיים בחבל ימית.